U novu sezonu, 1988/89, Partizan ulazi sa dosta promena u sastavu. U inostranstvo su otišli Radanović, Katanec i Smajić, a u JNA Milko Đurovski i Goran Stevanović. Bilo je i pojačanja, naravno, pa su tog leta stigli reprezentativci Dragoljub Brnović i Predrag Spasić, kao i Goran Milojević, a vrlo bitan bio je i povratak Fahrudina Omerovića iz JNA.
Promena se desila i na klupi, doduše, kad je sezona već započela, polovinom septembra. Nakon velikih sukoba u upravi kluba, smenjen je Fahrudin Jusufi, a na njegovo mesto došao je Momčilo Vukotić. A taj start nove sezone za vicešampiona nije baš bio uspešan, u prvih 6 kola zabeleženo je po dva poraza, pobede i nerešena ishoda, pa se Partizan u tom trenutku našao na na 8. mestu sa samo 5 bodova. Jeste, fali ovde jedan bod, igubljen upravo u tom 6. kolu, na penale od Osijeka. Bila to je, naime, sezona kada su uvedeni famozni "Miljanićevi" penali, verovatno najidiotskije pravilo u istoriji evropskog, možda i svetskog fudbala.
Smena trenera nije donela poboljšanje u rezultatima, mada je Moca dobro započeo trenersku karijeru, sa dve pobede, prvo protiv Rada, a onda i u večitom derbiju, minimalnim rezultatom, golom Dragoljuba Brnovića, postignutim u prvom minutu utakmice. Nakon ove dve pobede usledio je poraz, pa još jedna pobeda, a onda je Partizan vezao 7 utakmica bez pobede u poslednjih 7 kola jesenjeg dela prvenstva, pa je prvi deo šampionata završio na deobi od 12. do 15. mesta, sa samo 12 bodova, 10 manje od vodeće Vojvodine, odnosno 9 od drugog Hajduka i trećeg Dinama.
U međuvremenu, dok igramo slabo u prvenstvu, u kupovima nam ide daleko bolje. U kupu UEFA izbačena je sa dve "petarde" sofijska Slavija, a ispadamo od jake Rome sa Felerom, Đaninijem, Brunom Kontijem... U domaćem kupu eliminišemo najpre Lovćen i Budućnost, a onda u četvrtfinalu i Zvezdu, kada je igrač odluke i strelac po jednog gola u obe utakmice, bio povratnik iz JNA, Fadilj Vokri.
U prolećnom delu sezone nastavljamo po starom, gubimo po običaju u Tuzli, pa nakon 18. kola padamo na 15. poziciju, sa istim brojem bodova koliko ima i 16. Napredak. Onda osvajamo penal-bod u gostima Sarajevu i to će biti naš poslednji nerešen ishod u ovom prvenstvu. Do kraja sezone gubimo čak 5 puta, ali zahvaljujući dobrim igrama kod kuće, vezano je 8 pobeda zaredom na našem terenu (uz dve gostujuće u finišu prvenstva), završavamo prvenstvo na koliko-toliko podnošljivom 6. mestu. Naravno da je plasman bio vrlo slab, ali je sezonu izvadilo osvajanje domaćeg kupa. Nakon neverovatne 32 godine, perioda u kome smo osvojili 9 titula i još 8 puta bili vicešampioni, najzad je osvojen taj trofej, nedostižan za mnoge sjajne generacije Partizana u prethodnim decenijama.
